Po vzniku Prírodovedeckej fakulty UPJŠ boli výučbou predmetov v odbore Biológia pre učiteľské a jednoodborové štúdium poverení pracovníci Katedry biológie Lekárskej fakulty UPJŠ a pracovníci Rádiobiologického oddelenia Ústavu experimentálnej biológie SAV v Košiciach. Ešte v roku 1963 bola Katedra biológie preradená z Lekárskej na Prírodovedeckú fakultu. Pod vedením Doc. MUDr. Milana Prasličku, CSc. bolo vybudované zariadenie s inštalovaným zdrojom kontinuálneho gama žiarenia, čím boli vytvorené podmienky pre výskum účinkov chronického žiarenia na rastliny a živočíchy. Vo výučbe zabezpečovala katedra celý rad disciplín študijného odboru Biológia a zamerania Experimentálna biológia, ako aj učiteľskej aprobácie Biológia-chémia.

Postupne sa rozširoval počet pracovníkov katedry, množstvo prednášaných disciplín a šírka výskumného programu. To vyvolalo hľadanie vhodného modelu štruktúry biologických katedier. Najprv v r. 1968-1969 vznikli 4 samostatné katedry (Katedra všeobecnej biológie, Katedra botaniky, Katedra genetiky a Katedra ekologickej a systematickej zoológie) a od roku 1972 existovali dve biologické katedry, Katedra všeobecnej biológie vedená Prof. MUDr. Milanom Prasličkom, DrSc. a Katedra špeciálnej biológie vedená Doc. RNDr. Robertom Hončarivom, CSc. Biologický výskum sa postupne orientoval viacerými smermi. Okrem rádiobiologickej problematiky sa rozvíjala oblasť kozmickej biológie v rámci medzinárodnej spolupráce Interkozmos. Bol študovaný vplyv mikrogravitácie a ostatných faktorov kozmického letu na vybrané parametre metabolizmu lipidov a nukleových kyselín u dospelých a vyvíjajúcich sa organizmov. Neskôr pribudlo chronofyziologické štúdium biologických rytmov vybraných metabolických parametrov a hormónov u potkanov. V oblasti populačnej genetiky bol realizovaný výskum séroantropologických znakov rómskeho etnika na východnom Slovensku. Zoologický výskum bol orientovaný predovšetkým na druhovú diverzitu batrachofauny a malakofauny. Pracovníci v botanickom výskume pokračovali v štúdiu cytogenetických zmien rastlín indukovaných chronickým ožarovaním gama lúčmi a neskôr sa začal rýchle rozvíjať výskum liečivých rastlín a prírodných látok orientovaný predovšetkým na štúdium obsahu účinných látok a šľachtenie nových odrôd liečivých rastlín. V osemdesiatych rokoch sa začal budovať nový smer rastlinných biotechnológií.

Po smrti akademika Prasličku v roku 1985 prevzala vedenie Katedry všeobecnej biológie Doc. RNDr. Eva Mišúrová,CSc. S postupným zabezpečovaním výučby širšieho spektra biologických disciplín, ako aj riešením nových výskumných úloh boli v rámci biologických katedier vytvorené podmienky pre ďalšiu reorganizáciu, ktorá znamenala v roku 1990 vytvorenie 4 biologických katedier, a to:

Katedry antropológie a zoológie, Katedry bunkovej a molekulárnej biológie, Katedry experimentálnej botaniky a genetiky, Katedry fyziológie živočíchov a človeka.

V roku 1999 sa Katedra antropológie a zoológie pretransformovala na Katedru zoológie a ekológie. V priebehu deväťdesiatych rokov nastal postupný odklon výskumu od tradičnej rádiobiologickej orientácie. Prevažná väčšina výskumných projektov sa zaoberala štúdiom prírodných zdrojov liečiv s antivírusovou a protinádorovou aktivitou, štúdiom mutagénnych a karcinogénnych účinkov environmentálnych faktorov a štúdiom karcinogenézy a experimentálnej prevencie a liečby nádorov. Zoologický výskum sa zameral na štúdium pôdneho, terestrického a vodného prostredia vo vzťahu k niektorým jeho abiotickým faktorom. Aplikovaný výskum liečivých rastlín sa v tomto období orientoval na zabezpečenie surovinovej základne pre domáce a niektoré zahraničné farmaceutické podniky (introdukcia nových druhov do pestovania, novošľachtenie a udržiavacie šľachtenie, účasť vo výskume spracovateľských technológií). Výskum v botanike sa venoval najmä taxonomickému štúdiu rodov Thymus a Hypericum, ich reprodukčných spôsobov a chemotaxonómii, ale aj ďalším problémom cievnatých rastlín (účasť na spracovaní Flóry Slovenska). Základný výskum vo fyziológií rastlín sa zameriaval na štúdium sekundárneho metabolizmu liečivých rastlín. Ekofyziológia bola zastúpená výskumom vplyvu toxických kovov na metabolizmus rastlín a lišajníkov.

Potreba lepšej koordinácie vedeckého výskumu a zefektívnenie vzdelávacieho procesu viedli v roku 2002 (Rozhodnutie dekana č. 1/2002 zo dňa 25.2.2002 o zriadení ústavov PF UPJŠ v Košiciach s účinnosťou od 28.3.2002) k vytvoreniu novej organizačnej štruktúry fakulty za vzniku Ústavu biologických a ekologických vied na báze 4 existujúcich katedier, ktoré sa transformovali na akademické pracoviská tohto ústavu:

Katedra botaniky

Katedra bunkovej biológie

Katedra fyziológie živočíchov

Katedra genetiky

Katedra zoológie

Oddelenie didaktiky biológie

Laboratórium molekulárno-biologickej diagnostiky